医院建院于1948 年5月22日，前身是迪化中央医院。
1949 年11月18日，被命名为“新疆省第三人民医院”，归属新疆省卫生处领导。
1951年5月5日，更名为“迪化市人民医院”。1953年，更名为“乌鲁木齐市人民医院“。1957年，更名为“乌鲁木齐市友谊医院“。
1979 年10月15日，更名为“乌鲁木齐市第三人民医院”。1983 年6月，更名为“乌鲁木齐市友谊医院”沿用至今。

医院是乌鲁木齐市属一家集医疗、护理、教学、科研、预防、康复、保健、安宁疗护为一体的公立“三级甲等”综合医院，辖青年路院区、沙依巴克区分院、碱泉街社区卫生服务中心、长江路社区卫生服务中心。医院荣获全国卫生系统先进集体、全国绿色低碳公共机构、自治区十佳医院、乌鲁木齐市文明单位、乌鲁木齐市级平安单位、乌鲁木齐市民族团结进步示范单位等荣誉。医院是新疆医科大学临床医学院及教学医院、新疆石河子大学医学院教学医院、新疆第二医学院教学医院、自治区全科医师培训中心实践教学基地、”自治区包虫病外科手术”定点医院、全国综合医院中医药示范单位、全国(新疆)CHIAO 胆道镜培训基地、全疆首批新入职护士规范化培训基地、乌鲁木齐市互联网医院执业许可、自治区老年友善医疗机构、国家标准版胸痛中心。

医院位于乌鲁木齐市胜利路558号(地铁一号线新疆大学站友谊医院出口处),医院占地面积 2.6 万平方米，现有建筑面积11.6 万平方米。医院编制床位900张，设置内科系统、外科系统、妇产科、儿科、骨科、疼痛科、康复科、中医科、急诊科等 40 多个临床专科和医学影像科(放射、核磁、CT、超声、心电图)、检验科、病理科等 10多个医技科室及30 多个检查治疗室。
医院主要承担本区域内疑难重症、重大疾病诊疗、传染病防治、突发事件医疗救治和院前急救任务，接受政府指令承担突发公共事件的应急救治任务;承担临床教学、住院医师规范化培训和乌市医疗质量控制等任务;开展临床医学研究，解决临床诊疗疑难问题，推广适宜技术。

医院心血管内科、骨科、医学影像科、护理为自治区级重点专科，疼痛科正在积极迎接复评;心血管内科、骨科、疼痛科、呼吸科、神经内科、肾病科、泌尿外科、普外科、重症医学科、全科医学科、麻醉科为市级重点专科;中医科被评为全国综合医院中医药示范单位;普外科(微创保胆取石)、康复科、内分泌科、消化科为院级特色专科。医院获批“田龙名医工作室“”孙红名医工作室“”张洁祥名医工作室“"白雯名医工作室”四个市级名医工作室;引进疆内专家成立“穆玉明教授名医工作室“”徐杰教授名医工作室“”陈启龙教授名医工作室”，已建立起骨干培养和技术传承机制，为稳定人才、完善梯队起到积极推动作用。

乌鲁木齐市友谊医院与新疆医科大学第一附属医院、新疆医科大学第二附属医院、新疆医科大学附属肿瘤医院、新疆医科大学第六附属医院签订医疗帮扶合作协议，在医院管理、人才培养、学科发展、技术提升、医教研协调、信息化支撑等多方面建立合作。医院聘请名誉院长、名誉总会计师、名誉主任，建立名医工作室，通过参与医院管理坐诊 教学查房手术及诊疗操作 带教等多种形式加强合作引进先进技术，满足患者就医需求，每年选派业务骨干送往帮扶医院参与手术观摩、教学查房及短期业务培训等，将乌鲁木齐市友谊医院打造成“立足首府城南片区、辐射全市”的自治区区域诊疗中心。

医院长期与首都医科大学附属北京安贞医院、首都医科大学附属北京世纪坛医院、首都医科大学附属北京中医医院、北京大学人民医院、北京大学肿瘤医院、中国人民解放军总医院第六医学中心、厦门大学附属第一医院、上海市浦东新区公利医院、上海长海医院、建立长期援疆合作关系。在援疆作用下，医院筹建胸痛中心、卒中中心和创伤中心、结石中心和心脏中心，有效提升急危重症救治能力和抢救成功率;成立“迟立群微创心脏手术工作室”，实施单支至四支血管病变心脏不停跳下微创小切口冠脉搭桥术，赢得口碑;挂牌上海细胞形态学诊断医联体乌鲁木齐市技术分中心智慧实验室并成立“周道银体液常规细胞形态学”工作室，为疾病疗效和预后判断提供“金指标”;成立“张宁名医工作室”，开展泌尿外科各类高精尖手术，引领前沿;成立“王仁贵名医工作室”，发挥256能普CT 的独特优势，守正创新;国医大医柴蒿岩学术思想及技术经验推广新疆分站和燕京赵氏皮科流派乌鲁木齐传承分站落户我院，弘医传道;建立首都医科大学附属北京世纪坛医院花粉监测研究友谊医院分中心并成立变态(过敏)反应科，以我院为中心，在本市七区一县建立监测点并开展花粉监测工作，填补空白;开展京乌合作医学研讨会，邀请援疆专家来院，传经送宝;组织京乌两地专家就高危疑难重症病例远程会诊，制定科学、规范、系统的诊疗方案、路径，惠医利民，塑造了医院良好形象，提升了医院的诊疗水平。

阔步新时代、奋进新征程，医院始终坚持人民至上和生命至上，秉诚“团结、诚信、务实、创新”的院训，以“呵护健康，友谊长存"为服务宗旨，以为人民健康保驾护航为己任，以满足人民群众多样化、个性化健康服务需求为导向,以提升诊疗技术、优化服务流程、提高服务质量、改善就医体验、弘扬先进医疗文化为目标，凝心聚力、踔厉奋发、勇毅前行，持续推进医院高质量发展，为助力健康中国建设贡献力量。