东部战区空军医院是综合性三级甲等医院，健康管理中心是全国首批健康管理示范基地、全军第二批华东地区宇航员遴选体检定点单位、中国东航飞行员指定体检单位、江苏海事局海员指定体检单位、南京市劳动能力鉴定定点检查单位。

健康管理中心源于华东军区空军卫生部招飞体检科，成立于1952年。在保障好招收飞行人员的前提下，自1984年面向社会开展健康体检。中心拥有医务人员近60名，其中部分具有招飞体检及健康鉴定临床经验，有1人享受国务院特殊津贴。中心面积5300平方米，医检分离，男女分区，设有接待、侯检、检查、宣教、就餐等区域。中心使用先进的体检信息软件和叫号系统。配备美国GE petCT、德国西门子核磁共振、美国GE64排螺旋CT、荷兰飞利浦彩色超声、德国爱克发数字化摄片（DR）、TTM全身扫描、骨密度仪、日本科林四肢动脉硬化仪、乳腺钼靶、电子肛肠镜、基因检测、日本拓普康眼底照相仪、心理测试仪、眼科OCT检测仪、健康体检车等大型设备。

2011年中心正式更名为“健康管理中心”，为受检者提供一站式专业化、个性化、数字化的健康管理服务。根据受检者的个体情况，设计体检套餐，解决不同层次人群的健康需求。还可制订精准疾病干预，慢病管理方案。中心重视并做好检后延伸服务，为受检单位进行上门健康讲座、报告解读，并可到企事业单位上门体检，为需进一步治疗受检者提供预约检查、专家会诊、协调住院等就医绿色通道。