2007年广州市第六人民医院成建制移交中山大学，命名为“中山大学附属第六医院”，简称“中山六院”。
中山六院，现已发展成为一所技术水平一流、国内知名的具有显著专科特色的“三甲”综合医院，集医疗、教学、科研、预防和康复保健等为一体，为中山大学十家直属附属医院之一。2021、2022年度国家公立医院绩效考核蝉联A+等级，2022年进入“国考”全国百强。胃肠肛门专科、生殖医学等学科已形成全国影响力，是广东省的一张特色医疗名片，全省乃至全国的疑难病症患者慕名而来。
中山六院拥有3个院区——员村院本部金融城院区、知识城院区及珠吉院区（在建）。编制病床3202张，实际开放病床1497张。医院是广州市社会医疗保险定点医疗机构分级管理最高级别的“AAA级医院”之一，是广州市医疗保险定点医院、广东省省内异地就医联网结算医院、国家跨省异地就医联网结算医院、省直医保定点医院、市直医保定点医院、区公费医疗定点医院。
截至2023年12月，全院在岗职工2483人，卫生专业技术人员2076人。全院高级职称233人（正高75人，副高158人），博士研究生导师63人，硕士研究生导师186人。自2007年成立以来，从海内外引进包括国家级人才、中山大学“百人计划”领军人才、国务院特殊津贴专家、卫生部有突出贡献中青年专家等各学科学术带头人40余人。首任院长、荣誉院长汪建平教授，曾任中华医学会外科学分会结直肠肛门外科学组组长11年,《中华胃肠外科杂志》主编,《外科学》五年制本科教材第八版、第九版主编，卫生部《结直肠癌诊疗规范》（2010年版、2015年版、2017年版、2020年版、2023版）制订专家组组长。第二任院长兰平教授，卫生部有突出贡献的中青年专家，国家重点研发计划首席科学家，现任中国医院协会副会长、广东省医师协会副会长。第三任院长文卫平教授，现任中华医学会耳鼻咽喉头颈外科专业委员会副主任委员、中国医师协会耳鼻咽喉科分会副会长、广东省医学会耳鼻咽喉头颈外科专业委员会主任委员、广东省抗癌协会头颈肿瘤专业委员会主任委员、广东省医学领军人才；现任院长吴小剑教授，任国际癌症基因组联盟 ICGC-ARGO 结直肠癌项目负责人、教育部生物医学大数据工程研究中心副主任、教育部外科智能器械工程研究中心副主任、中国抗癌协会结直肠肿瘤整合康复专委会副主委、广东省医师协会胃肠外科分会主任委员、广东省医学会外科学分会副主任委员、《中华胃肠外科杂志》副主编、《中华炎性肠病杂志》主编，广东省胃肠病学研究所（中山大学胃肠病学研究所）所长，获广东省医学领军人才称号。
医院院本部（金融城院区）座落在广州市中央商务区核心地带（建设中的广州金融城西区），毗邻天河区政府、天河公园、珠江新城，与琶洲会展中心隔江相望。紧靠科韵路、华南快速干线，临近黄埔大道和花城大道、临江大道，距地铁5号线、21号线-员村站仅80米，交通十分便利。
珠吉院区位于天河区珠吉路以西、广园东快速路以北，为“南北低密度生态带”和“奥体公园-儿童公园东西生态带”交汇点。项目用地面积约97亩，总建筑面积约19.85万平方米，项目总投资约20.7亿元，规划床位数1000床。项目计划于2024年第二季度正式开工，预计在2027年12月竣工验收。